Index _ | A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W | X | Z _ __call__() (anndata.experimental.Read method) (anndata.experimental.ReadCallback method) (anndata.experimental.Write method) (anndata.experimental.WriteCallback method) __getitem__() (anndata.abc.CSCDataset method) (anndata.abc.CSRDataset method) (anndata.acc.MapAcc method) (anndata.experimental.Dataset2DIlocIndexer method) __repr__() (anndata.acc.RefAcc method) A A (in module anndata.acc) acc (anndata.acc.AdRef attribute) AdAcc (class in anndata.acc) AdRef (class in anndata.acc) allow_write_nullable_strings (anndata.settings attribute) AnnCollection (class in anndata.experimental) anndata module AnnData (class in anndata) anndata.acc module anndata.typing module AnnLoader (class in anndata.experimental) ATTRS (anndata.acc.AdAcc attribute) attrs_keys (anndata.experimental.AnnCollection property) auto_shard_zarr_v3 (anndata.settings attribute) AxisStorable (in module anndata.typing) B backend (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute) base_path_or_zarr_group (anndata.experimental.backed.CategoricalArray attribute) (anndata.experimental.backed.MaskedArray attribute) C CategoricalArray (class in anndata.experimental.backed) categories (anndata.experimental.backed.CategoricalArray attribute) check_uniqueness (anndata.settings attribute) chunk_X() (anndata.AnnData method) chunked_X() (anndata.AnnData method) columns (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) concat() (in module anndata) concat_on_disk() (in module anndata.experimental) concatenate() (anndata.AnnData method) convert (anndata.experimental.AnnCollection property) copy() (anndata.AnnData method) (anndata.experimental.backed.Dataset2D method) copy_on_write_X (anndata.settings attribute) CSCDataset (class in anndata.abc) CSRDataset (class in anndata.abc) D Dataset2D (class in anndata.experimental.backed) Dataset2DIlocIndexer (class in anndata.experimental) dim (anndata.acc.GraphAcc attribute) (anndata.acc.GraphMapAcc attribute) (anndata.acc.MetaAcc attribute) (anndata.acc.MultiAcc attribute) (anndata.acc.MultiMapAcc attribute) dims (anndata.acc.AdRef attribute) dims() (anndata.acc.GraphAcc method) (anndata.acc.LayerAcc method) (anndata.acc.MetaAcc method) (anndata.acc.MultiAcc method) (anndata.acc.RefAcc method) disallow_forward_slash_in_h5ad (anndata.settings attribute) ds (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) dtype (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute) (anndata.experimental.backed.CategoricalArray attribute) (anndata.experimental.backed.MaskedArray attribute) dtypes (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) E elem_name (anndata.experimental.backed.CategoricalArray attribute) (anndata.experimental.backed.MaskedArray attribute) encoding_type (anndata.experimental.IOSpec attribute) encoding_version (anndata.experimental.IOSpec attribute) equals() (anndata.experimental.backed.Dataset2D method) ExtensionNamespace (class in anndata.types) F filename (anndata.AnnData property) format (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute) from_json() (anndata.acc.AdAcc method) G get() (anndata.acc.GraphAcc method) (anndata.acc.LayerAcc method) (anndata.acc.MetaAcc method) (anndata.acc.MultiAcc method) (anndata.acc.RefAcc method) GraphAcc (class in anndata.acc) GraphMapAcc (class in anndata.acc) H has_backed (anndata.experimental.AnnCollection property) I idx (anndata.acc.AdRef attribute) Idx2D (in module anndata.acc) idx_repr() (anndata.acc.GraphAcc method) (anndata.acc.LayerAcc method) (anndata.acc.MetaAcc method) (anndata.acc.MultiAcc method) (anndata.acc.RefAcc method) iloc (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) ImplicitModificationWarning index (anndata.acc.MetaAcc attribute) (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) Index (in module anndata.typing) Index1D (in module anndata.typing) index_dim (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) IOSpec (class in anndata.experimental) is_backed (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) is_view (anndata.AnnData property) isbacked (anndata.AnnData property) isin() (anndata.acc.GraphAcc method) (anndata.acc.LayerAcc method) (anndata.acc.MetaAcc method) (anndata.acc.MultiAcc method) (anndata.acc.RefAcc method) K k (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.acc.GraphAcc attribute) (anndata.acc.LayerAcc attribute) (anndata.acc.MultiAcc attribute) keys() (anndata.experimental.backed.Dataset2D method) L LayerAcc (class in anndata.acc) LayerMapAcc (class in anndata.acc) layers (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) lazy_attr() (anndata.experimental.AnnCollection method) M MapAcc (class in anndata.acc) MaskedArray (class in anndata.experimental.backed) MetaAcc (class in anndata.acc) min_rows_for_chunked_h5_copy (anndata.settings attribute) module anndata anndata.acc anndata.typing MultiAcc (class in anndata.acc) MultiMapAcc (class in anndata.acc) N n_obs (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) n_vars (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) O obs (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) obs_names (anndata.AnnData property) obs_names_make_unique() (anndata.AnnData method) obsm (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) obsp (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) override() (anndata.settings method) P process_idx() (anndata.acc.GraphAcc method) (anndata.acc.MetaAcc method) (anndata.acc.MultiAcc static method) (anndata.acc.RefAcc method) R raw (anndata.AnnData property) Read (class in anndata.experimental) read_csv() (in module anndata.io) read_dispatched() (in module anndata.experimental) read_elem() (in module anndata.io) read_elem_lazy() (in module anndata.experimental) read_excel() (in module anndata.io) read_h5ad() (in module anndata.io) read_hdf() (in module anndata.io) read_lazy() (in module anndata.experimental) read_loom() (in module anndata.io) read_mtx() (in module anndata.io) read_text() (in module anndata.io) read_umi_tools() (in module anndata.io) read_zarr() (in module anndata.io) ReadCallback (class in anndata.experimental) ref_class (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.acc.GraphAcc attribute) (anndata.acc.GraphMapAcc attribute) (anndata.acc.LayerAcc attribute) (anndata.acc.LayerMapAcc attribute) (anndata.acc.MetaAcc attribute) (anndata.acc.MultiAcc attribute) (anndata.acc.MultiMapAcc attribute) (anndata.acc.RefAcc attribute) RefAcc (class in anndata.acc) register_anndata_namespace() (in module anndata) reindex() (anndata.experimental.backed.Dataset2D method) remove_unused_categories (anndata.settings attribute) rename_categories() (anndata.AnnData method) resolve() (anndata.acc.AdAcc method) RWAble (in module anndata.typing) S settings (in module anndata) shape (anndata.abc.CSCDataset attribute) (anndata.abc.CSRDataset attribute) (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) (anndata.experimental.backed.CategoricalArray attribute) (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) (anndata.experimental.backed.MaskedArray attribute) sparse_dataset() (in module anndata.io) StorageType (in module anndata.experimental) strings_to_categoricals() (anndata.AnnData method) T T (anndata.AnnData property) to_adata() (anndata.experimental.AnnCollection method) to_df() (anndata.AnnData method) to_json() (anndata.acc.AdAcc method) to_memory() (anndata.abc.CSCDataset method) (anndata.abc.CSRDataset method) (anndata.AnnData method) (anndata.experimental.backed.Dataset2D method) transpose() (anndata.AnnData method) true_index (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) true_index_dim (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) true_xr_index (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) U uns (anndata.AnnData property) use_sparse_array_on_read (anndata.settings attribute) V var (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) var_names (anndata.AnnData property) var_names_make_unique() (anndata.AnnData method) varm (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) varp (anndata.acc.AdAcc attribute) (anndata.AnnData property) W Write (class in anndata.experimental) write() (anndata.AnnData method) write_csr_csc_indices_with_min_possible_dtype (anndata.settings attribute) write_csvs() (anndata.AnnData method) write_dispatched() (in module anndata.experimental) write_elem() (in module anndata.io) write_h5ad() (anndata.AnnData method) (in module anndata.io) write_loom() (anndata.AnnData method) write_zarr() (anndata.AnnData method) (in module anndata.io) WriteCallback (class in anndata.experimental) X X (anndata.AnnData property) xr_index (anndata.experimental.backed.Dataset2D attribute) Z zarr_write_format (anndata.settings attribute)
